1.自閉症。一些自閉症兒童用腳趾著地行走，有時被誤認為是腦癱的痙攣型。然而，體格檢查發現，跟腱沒有收縮，足背屈沒有受損，腱反射沒有亢進，也沒有病理反射，所有這些都可以與腦癱相區別。
2.先天性韌帶鬆弛症。本病主要表現為粗大運動發育遲緩，尤其是獨自行走遲緩，行走不穩，容易跌倒，上下樓梯困難。有時被誤認為是腦癱，但本病主要表現為關節活動範圍明顯增大，可以過伸、過屈、內旋或外旋，肌力正常，腱反射正常，無病理反射，不伴有智力低下或驚厥。有時有家族史。症狀隨年齡增長而逐漸改善。
3、三體綜合徵。21三體綜合徵，又稱先天愚型和唐氏綜合徵，是最常見的常染色體疾病。根據其特殊的面部特徵和異常體徵，診斷一般不難。但有些病例在新生兒期症狀不明顯，僅表現為活動減少，無面部表情，對周圍環境無興趣，肌張力明顯低下，肌力下降，有時可誤認為是腦癱肌張力低下型，但本病的膝反射弱或難以引出，與腦癱有明顯區別，莫羅反射弱或不引出。本病的診斷可以通過染色體檢查來確認。
