治療UTI要依據某些重要的臨床藥理學原理，合理應用抗生素。淺表黏膜感染如膀胱炎，尿路抗生素易達到有效濃度，即易治癒，血藥濃度相對不那麼重要。因此，青黴素不能用於尿路以外的大腸埃希桿菌和變形桿菌感染，而對由這些細菌引起的膀胱炎有效。同樣，四環素在尿路可達有效抗菌濃度，在血清及組織中卻不能，可用於治療耐藥的革蘭陰性桿菌的感染，包括深部組織感染，腎臟、前列腺感染，同樣感染的部位也需要有效的藥物濃度。另外，有效血藥濃度亦有益，主張用殺菌劑效果較抑菌劑好或兩藥聯用，而不主張單個藥物治療。這些看法是否正確仍無定論，但在研究腎盂腎炎的實驗模型中證實，立即減少腎內濃度與迅速得到有效抗菌治療，對預防腎盂瘢痕形成同樣重要，應特別的重視。
治療UTI的目的是預防或治療全身敗血症，減輕症狀，清除被隔離的感染灶，消除來自腸道及陰道菌群的尿路病原體，預防長期併發症，並應做到費用最低，副作用最少，耐藥菌群產生的可能性最小。選擇不同的藥物治療不同的UTI可獲得達到上述目的最佳效果。常見尿路感染的治療如下：
1.年輕女性的急性非複雜性膀胱炎 健康經產婦患有症狀性下尿路感染(如排尿困難、尿頻、尿急、夜尿、恥骨聯合上區不適)，而無陰道炎的症狀及體徵(陰道分泌物臭味、外陰瘙癢、性交痛、只有排尿困難而無尿頻及外陰陰道炎)者，其治療應注意兩點：
(1)清除下尿路淺表黏膜的感染。
(2)清除來自陰道及下消化道的尿路病原體。
