1.持續時間長。減敏療法需要用很長時間，舌下脫敏療法一般兩年，皮下注射脫敏療法至少三年。皮下注射脫敏療法前半年每週一次，而後兩週一次到最後的一月一次，否則的話會前功盡棄或者需要花更多的時間來治療過敏性鼻炎。
2.對藥物濃度的不耐受。 舌下脫敏是每天用藥，不耐受情況較為輕微。皮下注射脫敏是將過敏原注射進患者體內使產生耐受力，因此可能會有全身反應，患者注射後半小時應該留在醫院觀察，以便有緊急情況如呼吸急促、皮膚紅腫發癢能儘快處理。
3.過敏個體差異比較大，臨床有效率在80%。減敏療法並非能夠100%根治過敏性鼻炎，但是是目前唯一一個治本的方法。
4.在脫敏治療期間如果有過敏症狀需要及時配合控制症狀的藥物治療。 如果減敏療法情況穩定，只需要做注射治療就好，如果天氣驟變或感冒了，在加以藥物以及局部治療。
5,起效比較慢。 由於脫敏治療至少需要堅持兩年，一般起效時間是3-9個月。
