只有少數患者有急性病史，多表現為慢性、複發性經過。I型及Ⅱ型前列腺炎主要致病因素為病原體感染，病原體隨尿液侵入前列腺，導致感染。病理解剖證實前列腺炎病變一般侷限於外周帶，此處腺管與尿流垂直線逆向開口於後尿道，易致尿液反流，而中央帶及移行帶腺管走向與尿流方向一致，不易發生感染。
Ⅲ型發病機制未明，病因學十分複雜，存在廣泛爭議。多數學者認為其主要病因可能是病原體感染，排尿功能障礙，精神心理因素，神經內分泌因素，免疫反應異常，氧化應激學說，下尿路上皮功能障礙等。IV型缺少相關發病機制的研究，可能與Ⅲ型的部分病因與發病機制相同。
最近研究還發現尿液的尿酸鹽不僅對前列腺有刺激作用，還可沉澱成結石，堵塞腺管，作為細菌的庇護場所。這些發現可以闡明前列腺炎綜合徵其實是多種疾病的共同表現，而且臨床表現複雜多變，可產生各種併發症，也可自行緩解。
