膽囊具有濃縮、貯存和排空膽汁，從而起到調節膽道內壓力的作用，膽囊切除後這些功能消失，肝臟分泌的膽汁持續不斷地流入十二指腸，這樣，在消化階段會顯得流入腸道的膽汁不夠，而在非消化階段，流入腸道的膽汁不能發揮其作用。這種情況經過一段時間的代償，膽管會代償性增粗，部分代替膽囊功能，膽總管下端的括約肌也會出現持久而有節律的關閉或開放，以適應消化的需要。
因此，部分病人膽囊切除術後早期對脂肪消化的耐受性差，經過一段時間後會逐步改善。事實上，有不少病人術前膽囊已無功能或功能下降，病變膽囊會影響病人的消化功能，還會發生膽絞痛或急膽發作，甚至癌變，這種病人膽囊切除後，不但不會出現術後消化功能不好，反而切除病變膽囊而改善了消化功能，提高了生活質量。少數病人膽囊切除後，可能出現膽汁返流性胃炎，臨床上為數不多，藥物治療效果較好。
值得一提的是最近研究表明，膽囊切除後有增加大腸癌發生率的可能性，但發生率不高，可不必驚慌。 膽囊切除後，短時間裡可能會有一引起不適應，但經過一段時間代償即如常人一樣正常地工作和生活，對人體健康沒有甚麼重大的影響。
