膽囊結石在早期通常約60%的病人無明顯臨床表現，於查體或體檢時被發現。部分單發或多發的膽囊結石，在膽囊內自由存在，不易發生嵌頓，很少產生症狀，被稱為無症狀膽囊結石。
當膽囊內的小結石嵌頓於膽囊頸部，就會引起臨床症狀，尤其在進食油膩飲食後膽囊收縮，或睡眠時由於體位改變，可以使症狀加劇。當膽石嵌於膽囊頸部時，造成急性梗阻，導致膽囊內壓力增高，膽汁不能通過膽囊頸和膽囊管排出，從而引起臨床症狀，通常表現為膽絞痛。如果膽囊結石嵌頓持續不緩解，膽囊會繼續增大，甚至會合並感染，從而進展為急性膽囊炎。若小的膽囊結石脫落到膽總管內或者壺腹部，還會引起急性膽管炎、急性胰腺炎等。膽結石反覆刺激膽囊壁，反覆發作膽囊炎症、感染，久而久之，就會轉變成慢性膽囊炎。
部分膽囊結石病人，同時合併內科疾患，如冠心病、高血壓、糖尿病等，若急性發作，可使原有病症加重，增加病死率。膽結石還會引起腹脹等消化不良症狀，伴有右上腹或上腹部疼痛，噁心、嘔吐、發熱等症狀。當然更應該讓我們警惕的是，膽結石長期反覆刺激膽道系統，反覆的膽道感染，會顯著增加膽道系統癌變風險。
