1、發病部位不同：所謂結腸，就是在右髂窩內續於盲腸和直腸的部分，分升結腸、橫結腸、降結腸和乙狀結腸四個部分，大部分固定於腹部的後部區域，大致排列成個“M”狀，將小腸包圍在內。而結腸炎，自然就是指這些“M”型的腸管所發生的炎症。直腸就是自肛緣起向上15cm的一段大腸，位於小骨盆內。直腸與小骨盆腔臟器的毗鄰關係男女有別，男性直腸的前面有膀胱、前列腺和精囊腺，女性則有子宮和陰道。當它受到病毒或病菌侵犯之時便會發炎，輕者僅侷限於直腸粘膜，重者可累及黏膜下層、肌層甚至周圍組織。
2、發病原因不同：腸炎主要由三個因素所致：自身免疫反應，細(病)菌感染，先天遺傳，神經及精神異常。直腸炎致病因主要來自二個方面：一是腸道疾病(如便秘、痔瘡、肛瘻、肛管直腸脫垂、直腸損傷等)，二是病毒及病菌感染、飲食不良、物理損傷。
3、表現症狀不同：直腸炎的主要症狀有便秘與腹瀉交替，便中混有粘液及血絲，貧血發熱、消瘦乏力等。急性直腸炎久治不愈，將轉化為慢性直腸炎，引起直腸粘膜充血水腫→直腸粘膜糜爛→重度糜爛→直腸穿孔，最終將導致直腸癌。結腸炎的主要臨床表現為腹脹痛→腹瀉→粘血便→便秘的特點，常伴有食慾不振，消化不良、失眠多夢等症狀。結腸炎病程呈慢性，發作期與緩解期持續交替加重，如未及時治療，將導致結腸穿孔轉化為潰瘍性結腸炎，致使胃腸道大量失血，甚至引發心臟衰竭
