可以引起播散性皰疹、皰疹性腦膜炎、前列腺炎、直腸炎、盆腔炎、脊髓神經根疾病等一系列併發症。在艾滋病流行的地區，該病還可增加艾滋病病毒感染的危險性。
部分生殖器皰疹病毒HSV1可能經周圍神經沿神經軸轉入三叉神經節，HSV2則轉入骶神經節長期潛伏於神經細胞內。如機體受到創傷、高熱、過敏、月經等原因引起感染和復發時，會併發腰髓部神經炎、脊髓炎，出現臀部及下肢放射性疼痛、膀胱麻痺等症。另外，生殖器皰疹常與其他性傳播疾病如淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒、尖銳溼疣、陰道念珠菌病、滴蟲等混合感染，故在診治中應該加以重視。
