閉經的病因十分複雜，目前醫學界並沒有給出明確的答案。閉經會涉及下丘腦-垂體-卵巢軸的功能性失調，甚至還會引起內分泌器官的病變，所以這種疾病在確診前，往往會為誤判為功能性失調，以致忽視了可能帶來的病變。
子宮性閉經：由於子宮內膜對激素不起反應，或反應低下而引起。多見於子宮內膜，結核子宮內膜損傷(如刮宮後子宮內股不再生)，子宮內膜粘連及發育不良等，這種病人即使通過人工的激素調節(人工週期)子宮內膜也不會脫落出血。
卵巢性閉經：主要由卵巢疾病所引起，由於雌激素水平過低，不能促使子宮內膜生長，如先天性卵巢發育不良，卵巢早衰無反應卵巢等這些人體內雌激素水平低，而促性腺激素卻正常或偏高可應用人工週期治療。
垂體性閉經：閉經與垂體功能不足，有關可見於顱腦損傷席漢氏綜合徵顱腦部放射治療後等。
下丘腦性閉經：問題出在下丘腦可以是神經系統器質性疾病，如炎症腫瘤缺血等造成的，也可以是精神因素環境改變全身疾病營養不良，及藥物影響造成的。
引起閉經的原因非常多，但是根據病情的一些規律，以及一些常規的全身檢查，往往可以確定病因。最後很據確診後的一些問題來研究新的治療方案，但是由於疾病類型的不同，有些閉經卻要經過較長的時間才可以確診，這樣是十分影響正常生活的，所以女性朋友要時刻注意。
