一子宮性閉經先天性陰道及或子宮缺如或發育不良均可引起原發性閉經。睪丸女性化男性假兩性畸形是一種罕見的遺傳性家族性疾病，由於體表形態為女性，常因無月經而來婦科就診。性染色體核型為46，XY。過度的刮宮或嚴重的感染如結核等造成內膜損傷或粘連，哺乳時間過長使子宮內膜萎縮等，均可引起續發性閉經。
二卵巢性閉經因卵巢病變引起的閉經。先天性卵巢缺如或性腺發育不良Turner氏綜合徵，約佔原發閉經者的12～20%。多由於性染色體異常所引起，主要核型為45、XO由於性染色體異常，卵巢不能正常生長和發育。因此，卵巢呈條索狀纖維組織。典型的臨床特徵為身材矮小、蹼頸、肘關節外翻、智力低下、後髮際低及第二性徵不發育等。繼發閉經可因卵巢功能早衰、手術切除、放射治療後以及卵巢男性化腫瘤等。後者可伴男性化特徵，如多毛及陰蒂肥大等。
三垂體性閉經發生在青春期前的垂體腫瘤可導致原發閉經。但多見於繼發閉經患者。主要因垂體受損引起功能不全，較常見於產後大出血伴休克、嚴重的產後感染或瀰漫性血管內凝血DIC時，致垂體前葉缺血壞死，隨之出現功能減退、閉經，亦稱席漢氏綜合徵。此症除影響FSH外，還可累及TSH和ACTH的分泌，因而還可出現其他相應的症狀，如消瘦、消化不良、畏寒、乏力、性器官萎縮、基礎代謝低及毛髮脫落等。
四下丘腦性閉經下丘腦受中樞神經系統控制，過度精神緊張、憂慮、恐懼、生活環境改變，均可引起中樞神經系統與丘腦下部功能失調，出現閉經。特別是年青婦女。卵巢功能尚不健全，更易出現紊亂現象。常首先表現在排卵功能異常而出現閉經。 多囊卵巢綜合徵多引起月經稀發或繼發閉經，由於月經失調、無排卵，體內雌激素分泌過多，可伴有不孕、多毛有肥胖等，雙側卵巢呈多囊性增大，可比正常大1～3倍，有堅韌感。卵巢包膜肥厚，皮質下出現多數發育不同程度的濾泡。子宮內膜呈不同程度的增殖狀態。現多認為多囊卵巢是下丘腦-垂體功能障礙所引起的無排卵的結果，以卵泡發育並停留在各個不同階段為結局。
五其他內分泌腺異常腎上腺、甲狀腺及胰腺等功能紊亂時也可影響月經。例如：腎上腺皮質功能亢進或減退、甲狀腺功能亢進或減退以及糖尿病等，都能通過丘腦下部影響垂體功能而引起閉經。
