根據現有人感染H7N9和H5N1禽流感病例的調查結果認為，潛伏期一般在7天以內。患者發病初期表現為流感樣症狀，包括髮熱、咳嗽，可伴有頭痛、肌肉痠痛和全身不適，也可以出現流涕、鼻塞、咽痛等。部分患者肺部病變較重或病情發展迅速時，出現胸悶和呼吸困難等症狀。
呼吸系統症狀出現較早，一般在發病後1周內即可出現，持續時間較長，部分患者在經過治療1個月後仍有較為嚴重的咳嗽、咳痰。在疾病初期即有胸悶、氣短以及呼吸困難，常提示肺內病變進展迅速，將會迅速發展為嚴重缺氧狀態和呼吸衰竭。
重症患者病情發展迅速，多在5～7天出現重症肺炎，體溫大多持續在39℃以上，呼吸困難，可伴有咯血痰;可快速進展為急性呼吸窘迫綜合徵、膿毒症、感染性休克，部分患者可出現縱隔氣腫、胸腔積液等。
有相當比例的重症患者同時合併其他多個系統或器官的損傷或衰竭，如心肌損傷導致心力衰竭，個別患者也表現有消化道出血和應急性潰瘍等消化系統症狀，也有的重症患者發生昏迷和意識障礙。
