消化系統疾病(15%)：
患系統性疾病的患者易發生口腔潰瘍，主要是通過影響免疫系統而致病。口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、侷限性腸炎、肝炎等有關。研究表明：30%-48%的口腔潰瘍患者有消化道疾病，如腹脹、腹瀉或便秘等情況。其中9%以上有消化道潰瘍。
營養因素(25%)：
如缺乏微量元素鋅、鐵，缺乏葉酸、維生素B12以及營養不良等，可降低免疫功能，增加複發性口腔潰瘍發病的可能性。
感染因素(13%)：
有人提出鏈球菌和幾種病毒在複發性口腔潰瘍發病中起病原的作用。
遺傳因素(10%)：
如父母雙方均患有複發性口腔潰瘍時，其子女約有80—90%患病，若雙親之一患此病時，其子女約有50—60%患病。
