大部分患者在感染的急性期無明顯症狀，伴有高水平的病毒血症和ALT升高。HCV急性感染後HCV RNA早於抗-HCV出現於血液中。HCV RNA最早可於暴露後2周檢出，HCV 核心抗原可在HCV RNA出現後1～2d檢出，而抗-HCV直到8～12周才能檢出，也就是說，在HCV感染髮生後，有約8-12周的時間，僅能檢出HCV RNA，而抗-HCV為陰性，即抗-HCV檢測的“窗口期”，“窗口期”的長短與檢測試劑有關(見表1)。抗-HCV不是保護性抗體，是HCV感染的標誌。
15%～40%的HCV急性感染者可在6個月內清除感染，在感染清除的過程中，有可能HCV RNA水平很低不能檢出，僅抗-HCV陽性;而65%～80%的患者病毒持續6個月仍未被清除，稱為慢性HCV感染。一旦慢性丙型肝炎發生，HCV RNA滴度開始穩定，自發痊癒的病例很少見。除非進行有效的抗病毒治療，否則HCVRNA很少發生自發清除。在臨床上，慢性丙型肝炎的患者抗-HCV多為陽性(免疫抑制的患者，如HIV感染者、實體器官移植受者、低丙種球蛋白血癥或者血液透析患者可出現抗-HCV陰性)，HCV RNA可為陽性也可為陰性(經抗病毒治療，HCV RNA水平低)。
