一、潛伏期：是指從病人發生不潔性交或接觸帶有HPV的物品後到亞臨床期皮膚損害出現前這一段時間。美國加州一所大學在對467名女大學生作健康檢查時發現，子宮頸及外陰部P(:R檢查的HPV陽性率達46%.說明在人群中HPV的潛伏性感染率是不低的。潛伏期患者僅僅是HPV攜帶者，不但肉眼看不到疣體，組織病理學上亦未發現有CA的表現，醋酸白試驗也是陰性，只有用像PCR、原位雜交等高度靈敏的方法才能檢出HPV，但此期患者是重要的傳染源之一。
二、亞臨床期皮損：
1、微小無蒂疣：直徑1～3mm，單個或數個，主要見於乾燥部位，尤其是陰莖體部。若皮損太小，則易被忽略。
2、微小的乳頭狀隆起：呈絨毛狀，有時多數小突起融合形成顆粒狀外觀，多發。這種皮損多發生在陰道前庭、陰道口、小陰唇、陰唇後繫帶及陰道等部位，可伴有瘙癢和燒灼感。
3、外觀正常的斑狀皮損：主要見於陰莖、女性外陰、宮頸和陰道，常為多灶性。此種皮損只有經過醋酸白試驗使之發白後才能識別。
三、臨床期：是由潛伏期或亞臨床期發展而來，常有典型的臨床表現。皮損初起為單個、散在或集簇的淡紅色丘疹，針頭大小，呈圓柱狀，境界清楚。以後丘疹逐漸增大，數目增多，表面溼潤且凹凸不平，最後可融合成乳頭狀、菜花狀或雞冠花狀，根部有蒂，表面呈灰白色、汙灰色或紅色。疣的乳頭間可有滲液，重者可有糜爛、出血，極易併發細菌感染，因此常有膿性分泌物鬱積，伴惡臭。局部可有壓迫感和瘙癢感。極少數患者皮損可侵犯深部組織，並生長迅速，形成一巨大疣體，稱為巨大尖銳溼疣，臨床上與鱗癌鑑別困難，如巨大溼疣，少數可以癌變。直腸內CA可出現疼痛，較大的損害可有裡急後重感。
