肺炎支原體的遊走性很強，除了呼吸道炎症外，還可能引起全身多臟器的損傷，如胸膜、腦膜、關節、心臟、肝臟、腎臟等。因此，有些患兒在咳嗽、發熱的同時，出現胸悶、胸痛、頭痛、關節痛、早搏、血尿、肝臟增大等表現，經檢查證實可能是肺炎支原體感染所致。
近幾年來，國內外諸多學者還發現，肺炎支原體與哮喘發病有著密切的關係，反覆感染肺炎支原體可引起喘息發作，少數過敏體質患兒甚至第一次感染肺炎支原體就喘了出來。因肺炎支原體不僅是病原體，還是一個致敏原，侵入呼吸道後，可引起Ⅰ型超敏反應，主要表現為氣道慢性過敏性炎症，氣道反應性增高。科研工作者發現，肺炎支原體感染容易發生在過敏體質和抵抗力較差的孩子身上，尤其是哮喘患兒，感染該病原體後哮喘症狀會加重，而且反覆發作、不易控制。由此看來，徹底治療肺炎支原體感染是非常重要的。
