病理性尿痛的病因很多，但主要是膀胱及尿道疾病。常見病因有：
一、膀胱尿道受刺激：最常見為炎症性刺激，如腎盂腎炎、腎結石合併感染、腎結核、膀胱炎、尿道炎、前列腺炎、陰道炎。在急性炎症和活動性泌尿繫結核時最為明顯。非炎症性刺激如結石(膀胱結石、尿道結石、輸尿管下1/3段結石等)、腫瘤(膀胱、尿道、前列腺腫瘤等)、膀胱或尿道內異物、膀胱瘻和妊娠壓迫等刺激。
二、膀胱容量減少：如膀胱佔位性病變，或膀胱壁炎症浸潤、硬化、攣縮所致膀胱容量減少。
三、膀胱神經功能調節失常：見於精神緊張和癔病，可伴有尿急，但無尿痛。
1、排尿開始時尿痛明顯，或合併排尿困難者，病變多在尿道，常見於急性尿道炎。
2、排尿終末時疼痛，且合併尿急者，病變多在膀胱，常見於急性膀胱炎。
3、排尿末疼痛明顯，排尿後仍感疼痛，或覺"空痛"，或不排尿亦痛者，病變多在尿道或鄰近器官，如膀胱三角區炎、前列腺炎等。
4、排尿突然中斷伴疼痛或尿瀦留：見於膀胱、尿道結石或尿路異物。
5、排尿不暢伴脹痛：老年男性多提示前列腺增生，亦可見於尿道結石。
6、排尿刺痛或燒灼痛：多見於急性炎症刺激，如急性尿道炎、膀胱炎、前列腺炎、腎盂腎炎。
