惡性腫瘤的發生：肛門、直腸及肛周等部位的巨大生殖器疣是高度進展性腫瘤，具有復發和惡變特性，尤其是向皮膚深層浸潤生長時，惡變的可能性更大。
影響胎兒：患此病的孕婦，其生殖器疣病毒可能通過逆行傳播，導致腹中胎兒受到感染，影響胎兒的生長，引起早產的情況;也可能在分娩時，經產道將病毒傳染給嬰兒，造成新生兒的發炎，造成眾多不利疾病。
引起併發症：生殖器疣是一種危害性很大的病，一旦沒有做準確的治療，病情控制不佳，可能導致患者出現其他惡劣性的疾病，如男性女性的炎症，癌變等，後果不堪設想，因此一定要做治療。
機體免疫功能下降：複發率高，採取多種有效治療措施，仍不能有效控制復發的皮損，可能向惡性化發展。
心理負擔：很多人患病都感到十分羞愧，即怕別人的取笑，又擔心此病會傳染給家人，而且也會害怕無法治癒而使精神緊張和消極，長期下去，抑鬱症也很容易發生。
