疼痛常位於腰部和腹部，多數呈陣發性，亦可為持續疼痛。有的疼痛可能僅表現為腰部酸脹不適，活動或勞動可促使疼痛發作或加重。腎結石絞痛呈嚴重刀割樣痛，常突然發作，疼痛常放射至下腹部、腹股溝或股內側，女性則放射至陰唇。腎絞痛發作時，患者呈急性病容，蜷曲在床，兩手緊壓腹部或腰部，甚至在床上翻滾，呻吟不已。發作常持續數小時，亦可數分鐘即緩解。腎絞痛嚴重時，面色蒼白，全身出冷汗，脈細而速，甚至血壓下降，呈虛脫狀態，同時伴有噁心、嘔吐、腹脹便秘。絞痛發作時，尿量減少，絞痛緩解後，可有多尿現象。
需與以下症狀相互鑑別：
輸尿管囊腫：輸尿管囊腫：是輸尿管末端的囊性擴張。胚胎髮育期輸尿管與尿生殖竇之間的隔膜未吸收消退，形成輸尿管口不同程度的狹窄，也可是輸尿管末端纖維結構薄弱或壁間段的行徑過長、過彎等因素引起，經尿流衝擊後形成囊性擴張突入膀胱。早期病例，臨床上可無症狀，常在診斷重腎畸形時始被發現。有症狀主要是尿路梗阻，引起反覆尿路感染。由於囊腫開口細小，輸尿管口持久的梗阻可導致輸尿管和腎積水、腎功能喪失、囊腫堵塞膀胱頸而發生排尿困難或尿流中斷，以及複發性尿路感染。有時女孩囊腫可經膀胱頸和尿道而脫出於尿道口外，一般可自行復位。但也可發生嵌頓而成紫色腫物。治療原則是解除梗阻，防止反流，處理併發症。如患側上半腎功能不良，可作半腎切除。約有20～25%病例術後仍有症狀，此時再處理囊腫。如患腎功能良好，可作輸尿管囊腫切除及防反流的輸尿管膀胱再植術。
輸尿管梗阻：腎盂輸尿管連接部梗阻是引起腎積水的一種常見的尿路梗阻性疾病。由於腎盂輸尿管連接部的梗阻妨礙了腎盂尿順利排入輸尿管，使腎盂排空發生障礙而導致腎臟的集合系統擴張。起初，腎盂平滑肌逐漸增生，加強蠕動，試圖通過遠端的梗阻排出尿液;當不斷增加的蠕動力量無法克服梗阻時，就會導致腎實質萎縮和腎功能受損。
