1.慢性細菌性痢疾：表現為慢性腹瀉或粘液膿血便，但常有急性菌痢史。從糞便、盲腸拭子或結腸鏡檢查時所取得的滲出物進行培養，可分離出痢疾桿菌。
2.慢性阿米巴腸病：往往有到疫地史，病變以右側結腸為主，結腸鏡下可見粘膜潰瘍，潰瘍邊緣為潛行性，介於潰瘍之間的結腸粘膜正常，糞便中可找到溶組阿米巴包囊或滋養體，用抗阿米巴藥物治療有效。
3.血吸蟲病：也可有慢性腹瀉腹痛，但有到流行區與疫水接觸史，糞便可檢出血吸蟲卵或孵化毛蚴陽性。結腸鏡下，可見到粘膜下黃色顆粒等典型表現，盲腸或乙狀結腸粘膜活組織檢杏可找到蟲卵。此外病人往往有肝脾腫大，病情重者可出現腹水，有效的抗血吸蟲治療後症狀好轉。
4.克隆病(crohn氏病)：病變範圍廣，自食管至肛門的胃腸道均可發生病變，以末斷迴腸及右半結腸多見。臨床表現可酷似潰結，但往往無血便，以腹痛、粘液便為多見，也可出現腸梗阻。病變呈節段性，病灶間的粘膜正常，纖維腸鏡檢查可明確診斷。克隆病和潰結統稱為炎症性腸病，兩病的病變和臨床表現有不同，但治療用藥是相似的。
