1、組織化學檢查：取少量病損組織製成塗片，用特異抗人類乳頭瘤病毒的抗體作染色。如病損中有病毒抗原，則抗原抗體結合。在過氧化物酶抗過氧化物酶(PAP)方法中，核可被染成紅色。此法特異性強且較迅速，對診斷有幫助。
2、病毒疣抗體試驗：迄今，HPV難於用傳統的病毒培養及血清學技術檢測，主要實驗診斷技術是核酸雜交。近年來發展的PCR方法具有特異、敏感、簡便、快速等優點，為HPV檢測開闢了新途徑。
3、病理檢查：病理檢查在尖銳溼疣檢查中，屬於準確度很高的一種方法。它從尖銳溼疣的症狀著手，通過檢查來判定是否為尖銳溼疣。病理檢查主要為角化不全，棘層高度肥厚，乳頭瘤樣增生，表皮突增厚，延長，其增生程度可似假性上皮瘤樣。
4、免疫組織學檢查：常用過氧化物酶抗過氧化物酶方法(即PAP)，顯示溼疣內的病毒蛋白，以證明疣損害中有病毒抗原。HPV蛋白陽性時，尖銳溼疣的淺表上皮細胞內可出現淡紅色的弱陽性反應。
5、醋酸白試驗：本試驗的原理是蛋白質與酸凝固變白的結果，HPV感染細胞產生的角蛋白與正常的未感染上皮細胞產生的不同，只有前者才能被醋酸脫色。醋酸白試驗並不是特異試驗，且假陽性較常見。
