本病的病因尚不清楚，可能與遺傳有關，為常染色體顯性遺傳。在胚胎髮育過程中，黑素細胞從神經嵴遷移到表皮，由於某種原因未能通過表皮-真皮交界處，而留在真皮中並形成病變。而一些研究表明，這可能不是殘留的黑色素細胞，而是類似於藍痣的錯位或痣狀損害。
大多數太田痣的病變分佈在三叉神經第一和第二分支的區域。該病沿周圍神經分佈，表明黑色素細胞可能來自周圍神經組織。太田痣的發生可能是由於一些黑素細胞向表皮移動時沒有穿過真皮和表皮的交界處，而是長期停留在真皮內或真皮以下。真皮中部的黑色素細胞含有不同數量的黑色素顆粒，散落在真皮膠原纖維之間。在輕微隆起和浸潤的色素斑中，黑色素細胞的數量較多，與藍斑痣相似，尤其是在結節狀損害區，不能與藍斑痣區別。黑色素細胞的浸潤也可出現在眼睛的深層結構中，包括眼眶骨膜。
但太田痣無論何時形成，其性質都是一樣的，沒有甚麼不同。對於那些在出生時或出生後不久形成太田痣的患者，通常在4-5歲左右和12-14歲時各波動一次，也就是說，在這一時期，太田痣會變大一點或變深一點，以後則比較穩定。太田痣的顏色會隨著季節的變化而變化，如夏季較深，冬季較淺，情緒對顏色也有影響。
太田痣的治療是以美容為目的，其原則應該是去除病變部位的色素，不留疤痕，不引起色素沉著或脫落。以往各種治療方法，如干冰壓迫法、液氮冷凍法、皮膚磨削法、皮膚種植法、皮膚剝脫法、C02激光治療，甚至放射性核素治療等，都可以減少皮損的色素，但很難獲得徹底治癒，而且容易引起瘢痕或色素脫失，治療過程也很痛苦，療效極不理想。激光治療太田痣是目前最有效的方法。根據太田痣的顏色，一般需要治療2-4次左右，間隔時間為2個月。每次的治療時間大約需要20-30分鐘。目前，常用的激光器主要有755nm翠綠寶石激光器、1064nm Nd:YAG激光器、694nm紅寶石激光器等。這些激光器都採用Q調製技術。
