如果囊腫體積不大，是自己或體檢時偶然發現的，平時毫無症狀，則無需治療，只要向患者進行詳細地解說和教育，解除思想顧慮即可。如果附睪囊腫造成併發症或成為病人焦慮的根源時，就應予以手術切除。
過去採取的單純抽液並注入硬化劑使囊腫縮小的措施並不可靠，常可復發或造成感染，給將來的手術帶來困難，故現在多主張手術切除。由於手術很小，病人不會有很大痛苦。
一個很小的陰囊切口足以移動、分離和切除囊腫，手術效果往往很好。手術時醫生將仔細把囊腫與睪丸和附睪分離開，然後完整地把它切除。手術時醫生會盡量仔細小心，以免壓迫和破壞睪丸的血液供應或破壞附睪與輸精管的連貫性。如果囊腫是開放的或術前抽吸過，液體將呈現稀薄、白色或混濁狀，在顯微鏡下檢查進可見不活動的精子。
附睪囊腫手術切除帶來的併發症很輕微，也很少見，包括陰囊血腫，不育症(如果切除了附睪)， 如果睪丸的血液供應受到影響，可以出現睪丸萎縮。不再需要生育的中老年患者，可以接受小劑量X射線局部照射，既能促進囊腫萎縮，也無明顯副作用。
一般情況下，睪丸囊腫不需治療，必要時可採取手術切除方法。
1.較小囊腫不需治療，可定期隨訪觀察。
2.穿刺抽吸後注入無水乙醇或其他硬化劑。
3.手術切除囊腫，適於囊腫較大且症狀明顯者。睪丸囊腫可在陰囊內形成，它可以長得很大而不產生任何不適，但仍要請醫生檢查是否患有。任何年齡的都可能發生囊腫，而且此病在40歲以上的男性中最為常見。
附睪囊腫可能導致男性性功能下降，甚至完全喪失性功能。可能導致死精，無精，喪失生育能力，並且將炎性病菌傳染給配偶，造成婦科疾病。睪丸疾病久治不愈造成精損腎虧、元氣耗損、肢體嚴寒、腰痠背疼、提早衰老。
精液囊腫可以導致性功能障礙，如果它的體積相當大，男子在性交過程中會出現睪丸和陰囊的疼痛，以而導致繼發性陽痿。從理論上說，精液囊腫可以引起焦慮並進而導致心理性陽痿。這就需要由醫生進行充分的解釋，以解除患者的種種畏懼。當精液囊腫體積龐大時，可以改變外生殖器的外表形象，也可以成為操作焦慮的原因 之一而導致陽痿。如果囊腫體積過大並壓迫睪丸的血液供應時，可以導致睪丸的萎縮和不育症;
