HPV通過性交損傷的皮膚黏膜到達基底層細胞。由於HPV的型別、存在狀態、機體的免疫狀態不同而結局迥異。若感染低危型HPV,病毒進入宿主細胞後,其DNA遊離於宿主染色體外,HPV在基底層細胞脫衣殼,在分化細胞進行DNA複製,在顆粒細胞合成衣殼蛋白幷包裝病毒基因組,在角質層細胞出現完整病毒體,當角質層細胞死亡、脫落,釋放病毒體,再感染周圍正常細胞。病毒體的大量複製刺激上皮細胞增生,因而顯微鏡下呈現表皮增生、變厚,臨床表現為尖銳溼疣。
若感染高危型HPV,其DNA整合到宿主細胞染色體,不能產生完整的病毒體,HPV E6、E7轉化基因表達,導致上皮內瘤樣變及浸潤癌的發生。整合感染時尖銳溼疣的表現常不明顯。