前列腺液培養髮現已知的尿路致病病原體是選擇抗菌藥物治療的依據。若發現泌尿生殖道罕見的病原體或共生菌，則不能確定為致病病原體。非細菌性前列腺炎患者若有細菌感染跡象，經一般療法治療無效，亦適宜採用抗菌藥物治療。
抗菌藥物的選擇需注意前列腺腺泡與微循環間存在由類脂膜構成的前列腺--血屏障，妨礙了水溶性抗生素通過，大大降低了治療效果。一些細菌分泌糖蛋白基質，阻礙了抗生素與細菌接近。當有前列腺結石存在時，結石可成為細菌的庇護體。上述諸因素構成了慢性細菌性前列腺炎治療上的困難，需要較長的療程，且容易復發。
非細菌性前列腺炎是否適宜使用抗菌藥物治療，臨床上仍有爭論。有證據說明過去曾使用喹諾酮類藥物的患者，前列腺液或前列腺按摩後尿培養有假陰性結果。沙眼衣原體和支原體可引起前列腺炎，而普通培養不會有陽性結果。而且有前列腺症狀的患者，使用一療程抗生素治療，大約40%患者能取得療效，因此，“無菌性”前列腺炎患者也適宜使用對細菌和支原體有效的藥物，如喹諾酮類藥物，SMZ-TMP或單用TMP，與四環素、喹諾酮類藥物並用或間隔使用。如果抗生素治療無效，確認為無菌性前列腺炎者，則停用抗生素治療。
非甾體抗炎藥可改善症狀，一般使用消炎痛內服或栓劑，中藥使用消炎、清熱、解毒、軟堅藥物亦收到一定效果。別嘌醇能降低全身及前列腺液中的尿酸濃度，理論上它作為自由基清除劑，還可清除活性氧成分，減輕炎症，緩解疼痛。不失為可選用的輔助治療方法。
專家介紹，前列腺炎複發率較高，單用藥物治療還不能完全解決問題，還需配合一些物理治療，同時調整生活、飲食習慣，才能達到較好的治療效果。
