男性尖銳溼疣的治療必須採用綜合治療：治療誘因(包皮過長、淋病)、提高機體免疫力、應用抗病毒藥物。一般只要堅持規範的綜合治療都可治癒。也可採用物理治療，如激光、電灼、冷凍等。首先需增強機體免疫力。
1.手術治療
治療誘因：包皮過長，淋病。對於單發、面積小的溼疣，可手術切除;對巨大尖銳溼疣，可用Mohs氏手術切除。手術時用冷凍切片檢查損害是否切除乾淨。
2.冷凍療法
利用-196℃低溫的液體氮，採用壓凍法治療尖銳溼疣，促進疣組織壞死脫落。本法適用於數量少，面積小的溼疣。可行1～2次治療，間隔時間為一週。
3.激光治療
通常用CO2激光，採用燒灼法治療尖銳溼疣，本療法最適用於陰莖或肛周的溼疣。對單發或少量多發溼疣可行一次性治療，對多發或面積大的溼疣可行2～3次治療，間隔時間一般為一週。
4.電灼治療
採用高頻電針或電刀切除溼疣。本療法適用於數量少，面積小的溼疣。
5.微波治療
採用微波手術治療，利多卡因局麻，將桿狀輻射探頭尖端插入尖銳溼疣直達疣體基底，當看到疣體變小、顏色變暗、由軟變硬時，則熱輻射凝固完成，即可抽出探頭。凝固的病灶可以用鑷子夾除。為防止復發，可對殘存的基底部重複凝固一次。
6.β-射線治療
該方法療效好，無痛苦，無損傷，副作用少，複發率低，在臨床上有推廣價值。
7.藥物療法
(1)足葉草脂 本療法適用於溼潤區域的溼疣，例如發生於包皮過長而未曾作包皮環切手術的龜頭溼疣。用20%足葉草脂酊劑塗到皮損處，或用藥前先用油質抗菌藥膏保護皮損周圍的正常皮膚或黏膜，然後再塗藥。用藥後4～6小時，用30%硼酸水或肥皂水清洗。必要時3天后重複用藥。該藥是國外用於本病治療的首選藥，一般用一次可愈。
(2)殺病毒藥物 目前主要是以大環三萜類為主，其主要治療的原理為，大環三萜可殺死潛藏在皮膚黏膜中的HPV病毒。此類藥物治療的療程長，疣體脫落比較慢，但複發率很低。
(3)腐蝕劑或消毒劑 常用30%～50%三氯醋酸，或飽和二氯醋酸，或18%過氧乙酸。用10%水楊酸、冰醋酸或40%甲醛、2%液化酚、75%乙醇蒸餾水100ml混合溶液，點塗局部，用於龜頭、肛周溼疣，每日或隔日一次，效果很好。消毒劑可用20%碘酊外塗，或2.5%～5%碘酊注射於疣體基部或用新潔爾滅外塗，或以0.1%～0.2%外敷，後者需配合全身療法。
(4)抗癌藥 ①5-氟尿嘧啶(5-Fu) 2.5%～5%氟尿嘧啶溼敷治療陰莖、肛周尖銳溼疣。也可用聚乙二醇作基質，加入佔其幹質5%的5-Fu粉劑製成栓劑，治療男性尿道內尖銳溼疣。也可用5-Fu基底注射，多者可分批註射。②噻替哌 主要用於5-Fu治療失敗的尿道內尖銳溼疣，副作用有尿道炎。亦可用本品10mg加入10ml生理鹽水浸泡患處，治療男性陰莖、龜頭冠狀溝溼疣。主要用於經其他方法治療後，尚有殘存疣體或復發者。也可將此溶液再稀釋兩倍浸泡局部，以預防復發。③秋水仙鹼 可用2%～8%的生理鹽水溶液外塗，治療陰莖溼疣，塗後可出現表淺糜爛。
