治療的目的在於緩解腎盂腎炎的症狀，防止病情復發，減少腎器官的損害。患者需要提醒自己每日多飲水，勤排尿，以降低髓質滲透壓，提高機體吞噬細胞功能，沖洗掉膀胱內的細胞。有發熱等全身感染症狀的話，應立即臥床休息。服用碳酸氫鈉1g，每日3次，可鹼化尿液，減輕膀胱刺激刺激症狀，並對氨基糖甙類抗生素、青黴素、紅黴素及磺胺等有增強療效作用，但可使四環素、呋喃咀啶的藥效下降。有誘發因素者應治療，如腎結石、輸尿管畸形等。抗感染治療最好在尿細菌培養及藥物敏感試驗下進行。
抗感染治療
1、急性腎盂腎炎：因引起尿路感染的主要細菌是革蘭陰性菌，其中以大腸桿菌為主。新生兒，嬰兒和5歲以下的幼兒急性腎盂腎炎多數伴有泌尿道畸形和功能障礙，故不易根除，但有些功能障礙如膀胱輸尿管返流可隨年齡增長而消失。一次性或多次尿感在腎組織中形成局灶性疤痕，甚至影響腎發育，近年來主張用藥前儘可能先做中段尿細胞培養，停藥後第2、4、6周應複查尿培養，以期及時發現和處理。
2、慢性腎盂腎炎：急性發作者按急性腎盂腎炎治療，反覆發作者應通過尿細菌培養並確定菌型，明確此次再發是復發或重新感染。
復發：指治療後菌株轉陰性，但在停藥後的6周內再發，且致病菌和先前感染的完全相同。復發的常見原因有：
如果經兩個療程的足量抗菌治療後，尿菌仍持續陽性，可考慮長程低劑量治療。一般採用複方新諾明或呋喃叮每晚一次，可以服用1年或更長，約60%患者菌轉陰。
再感染：指菌尿轉陰後，另一種與先前不同的致病菌侵入尿路引起的感染，一般在菌尿轉陰6周後再發。婦女的尿感再發，85%是重新感染，可按首次發作的治療方法處理，並囑患患者重視尿感的預防。同時應全面檢查，有無易感因素存在，予以去除。
中醫治療方法
腎盂腎炎以女子多見，屬中醫淋症範疇。分急性和慢性兩種。
急性腎盂腎炎常有發熱，尿急， 尿頻，尿痛，尿熱等症狀。屬溼熱症，方用人正散加減。本方為木通6克，瞿麥10克，扁蓄10克，川黃柏10克，車前子15克，石葦15克，茅根30克，小 薊30克。飲食方面應忌食一切鹹味調味品和含高蛋白的食物，應多食一些含維生素C的蔬菜和水果。
