泌尿生殖系統炎症包括睪丸炎、附睪炎、精囊炎、前列腺炎、尿道炎等，這類患者在少精子症中比例最多。治療方法目前提倡綜合治療，首先要應用抗生素2——3周，炎症一旦解除，睪丸的生精功能也容易恢復，隨後可辨證使用一些中藥。此外，生活調理不應忽視，要注意休息，炎症急性期應避免房事等。
由於睪丸溫度升高及毒素淤積等原因使睪丸生精功能受到影響，引起少精症，嚴重的可造成無精症。
隱睪據報道，單側隱睪患者約有30%--60%不育，雙側隱睪則有50%-100%發生不育，少精症中隱睪患者約佔9%。隱睪本身除了曲細精管退化影響生精之外，另一側下降完全的睪丸也可能有不同程度的損害，原因可能是由於隱睪產生的抗精子抗體對正常睪丸的影響。該病如果在早期得到有效的治療，生精功能可恢復。
腦垂體瘤腦垂體是一個重要的內分泌腺體，垂體瘤可以引起性功能下降、睪丸萎縮、少精或無精。治療方法有藥物治療和手術治療兩種選擇。
不良生活習慣如嗜好菸酒、穿緊身衣、洗桑拿浴也會導致男性少精症，還有長期接受電磁輻射和高溫作業的人，其睪丸生精功能會明顯下降。以上情況引起的少精症，只要改變生活習慣或是工作環境，生精能力很快就恢復，一般不必用藥。
