1.精索靜脈曲張
精索靜脈曲張時，使睪丸的局部溫度升高，血管活性物質增加，從而影響睪丸生精功能。但精索靜脈曲張程度與精子質量不成比例。
2.隱睪
隱睪是影響精液質量重要原因之一。單側隱睪約60%患者不育，因此若精子密度低，又有隱睪存在，必須及早治療。
3.生殖道感染
附屬生殖腺的慢性感染，可以影響精液中的各種化驗指標。
4.自身免疫
生殖免疫學研究發現，男性自身免疫可影響生育能力，抗精子抗體可影響精子的產生和運送。
5.內分泌異常
男性正常生精功能依賴於下丘腦-垂體-性腺軸功能的正常，其中任何一環節障礙，都會影響生精功能，其他如甲狀腺、腎上腺疾病也會影響生殖腺功能而致少精子症。
6.染色體異常
染色體畸變對精子密度、活動率及形態均有嚴重影響。
7.其他
陰囊溫度過高，放射損傷，化學毒品及藥物影響均可造成少精子症。
