脫水和電解質紊亂：腹瀉時機體不僅不能有效地從食物中吸收水份和電解質，而且還會以腸液的形式將它們進一步丟失。所以腹瀉時，如果不能及時有效地補充水份和電解質的話，就會出現不同程度的脫水和電解質紊亂。其中，電解質紊亂包括低鈉、低鉀、低鈣和低鎂，它們不僅不利於疾病的恢復，而且還會給孩子帶來不必要的痛苦，例如低鉀可引起頑固性的腹脹，低鈣可引起手足抽搦或驚厥。
病毒性心肌炎：它發生在腸道病毒感染所致的腹瀉之後，腹瀉使患兒的抵抗力進一步下降，病毒就可侵犯心臟而引起病毒性心肌炎。併發此病的患兒會有胸悶、胸痛、心悸、頭暈、乏力等症狀。重症患兒會因為嚴重的心律失常導致心力衰竭、心源性休克，甚至危及生命。
腸套疊：嬰兒常見的急腹症之一，多見於4～10個月的嬰兒。隨著年齡的增長，發病率逐漸降低。絕大多數嬰兒腸套疊是原發性的，只有2%～8%的病例為繼發性。由於腸蠕動失去正常節律性，腸環肌發生持續性局部痙攣，腸近端劇烈蠕動，遂將痙攣的腸段推入遠端腸腔內。腹瀉和伴隨它的病毒感染是引起腸套疊的主要原因，應當引起警惕。
營養不良：多發生在遷延性腹瀉或慢性腹瀉之後。營養不良會使患兒的抵抗力進一步下降，易繼發各種感染，如鵝口瘡、支氣管肺炎、結核病、中耳炎、尿路感染等，而且腹瀉遷延不愈還會加重營養不良，造成惡性循環。
