由於目前沒有特效的抗病毒藥物，尖銳溼疣的治療必須採用綜合治療。一般只要堅持規則的綜合治療都可治癒。
1、手術療法
對於單發、面積小的溼疣，可手術切除;對巨大尖銳溼疣，可用Mohs氏手術切除，手術時用冷凍切片檢查損害是否切除乾淨。
2、冷凍療法
利用-196℃低溫的液體氮，採用壓凍法治療尖銳溼疣，促進疣組織壞死脫落。本法適用於數量少、面積小的溼疣，可行1-2次治療，間隔時間為一週。
3、激光治療
通常用CO2激光，採用燒灼法治療尖銳溼疣。本療法最適用女陰、陰莖或肛周的溼疣，對單發或少量多發溼疣可行一次性治療，對多發或面積大的溼疣可行2-3次治療，間隔時間一般為一週。
4、電灼治療
採用高頻電針或電刀切除溼疣，局部麻醉，然後電灼。本療法適應數量少、面積小的溼疣。
5、微波治療
採用微波手術治療機，利多卡因局麻，將桿狀輻射探頭尖端插入尖銳溼直達疣體基底，當看到就體變小、顏色變暗、由軟變硬時，則熱輻射凝固完成，即可抽出探頭。凝固的病灶可以用鑷子挾除。為防止復發，可對殘存的基底部重複凝固一次。
6.化學治療
(1)0.5%鬼臼毒素酊(或0.15%霜) 適用於治療直徑≤10mm的生殖器疣，臨床治癒率可達90%左右。用藥疣體總面積不應超過10cm2，日用藥總量不應超過0.5ml。用藥後應待局部藥物自然乾燥。副作用以局部刺激作用為主，可有瘙癢、灼痛、紅腫、糜爛及壞死。另外，此藥有致畸作用，孕婦忌用。
(2)5%咪喹莫特霜 治療尖銳溼疣，疣體的清除率平均為56%。該療法的優點為複發率低，約為13%。出現紅斑不是停藥指徵，出現糜爛或破損需要停藥並複診，由醫生處理創面及決定是否繼續用藥，副作用以局部刺激作用為主，可有瘙癢、灼痛、紅斑、糜爛。妊娠期咪喹莫特的安全性尚未確立，孕婦忌用。
(3)80%～90%三氯醋酸或二氯醋酸 需由醫生實施治療。使用時，在疣損害上塗少量藥液，待其乾燥，此時見表面形成一層白霜。在治療時應注意保護周圍的正常皮膚和黏膜，如果外用藥液量過剩，可敷上滑石粉,或碳酸氫鈉(蘇打粉)或液體皂以中和過量的、未反應的酸。此藥不能用於角化過度或較大的、多發性以及面積較大的疣體。不良反應為局部刺激、紅腫、糜爛等。
8.氨基酮戊酸光動力學療法(ALA-PDT療法)
本法可選擇性殺傷增生旺盛細胞，不僅對肉眼可見的尖銳溼疣有破壞作用，還可清除亞臨床損害和潛伏感染組織。具有治癒率高、複發率低、不良反應少且輕微、患者依從性好等優點。
9.免疫療法
不主張單獨使用，可作為輔助治療及預防復發。可用干擾素肌內、皮下和損害基底部注射，白介素-2皮下或肌內注射，聚肌胞肌內注射等。
