1、消化系統疾病：患系統性疾病的患者易發生口腔潰瘍，主要是通過影響免疫系統而致病。口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、侷限性腸炎、肝炎等有關。研究表明：30%-48%的口腔潰瘍患者有消化道疾病，如腹脹、腹瀉或便秘等情況。其中9%以上有消化道潰瘍。
2、營養因素：如缺乏微量元素鋅、鐵，缺乏葉酸、維生素B12以及營養不良等，可降低免疫功能，增加複發性口腔潰瘍發病的可能性。
3、感染因素：有人提出鏈球菌和幾種病毒在複發性口腔潰瘍發病中起病原的作用。
4、遺傳因素：如父母雙方均患有複發性口腔潰瘍時，其子女約有80—90%患病，若雙親之一患此病時，其子女約有50—60%患病。
5、免疫系統異常：免疫系統異常也是口腔潰瘍的主要病因之一，金色葡萄球菌、鏈球菌、大腸桿菌、綠膿桿菌等處於口腔內部的原發病毒會在人體免疫系統出現異常時異常活躍，最終使患者出現口腔潰瘍症狀。此類病毒會在人體發生感染後藏於表皮下的血管中並繁殖於細胞核內。
6、精神因素：某些精神因素也是導致口腔潰瘍症狀發生的原因之一，臨床發現，如果患者經常出現緊張、焦慮、易怒、煩躁等負面情緒會更容易出現口腔潰瘍症狀，睡眠不佳也會導致症狀的發生。研究者認為這可能與植物神經功能失調有關係。
7、系統疾病因素：調查均發現復發口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍結腸炎、侷限腸炎、肝膽疾病及由寄生蟲引起的各種消化道疾病或功能紊亂密切相關。研究指出消化道功能紊亂約佔複發性口腔潰瘍發病誘因的30%。
