雖然咳嗽變異性哮喘通常沒有生命危險，但由於咳嗽變異性哮喘可以發展為典型哮喘，且本病可以嚴重影響睡眠、工作和學習，因此應及早診斷並積極進行治療。
一旦確診為咳嗽變異性哮喘，應停止應用抗生素或抗病毒藥物，同時應注意避免過敏原的接觸。特別是對小兒咳嗽變異性哮喘實施哮喘病初級預防，旨在促進和加強Th1的細胞反應。
咳嗽變異性哮喘治療原則和典型哮喘一樣，主要以吸入糖皮質激素進行抗炎治療為主，具體治療方案和吸入糖皮質激素的劑量可參考擴展閱讀中的治療方案。通常需要連續吸入5-7天，在氣道炎症控制後，咳嗽症狀可逐漸減輕或消失。吸入糖皮質激素的時間應至少持續3個月，以免復發。如果咳嗽較重，必要時可配合應用支氣管擴張劑如吸入或口服β2受體興奮劑或/和口服茶鹼類藥物，可以暫時緩解咳嗽症狀。抗變態反應藥物如左旋西替利嗪、地氯雷他定以及肥大細胞穩定劑如Nedocromil、色甘酸鈉等也可以收到良好的效果，但往往需要持續應用2周以上。
對於停藥後又反覆發作的患者應及時查清過敏原，採取有效的預防手段，必要時給予變應原疫苗治療。
