1.內科治療
(1)臥床休息和全身支持治療 包括液體和電解質平衡，尤其是鉀的補充，低血鉀者應予糾正。同時要注意蛋白質的補充，改善全身營養狀況，必要時應給予全胃腸道外營養支持，有貧血者可予輸血，胃腸道攝入時應儘量避免牛奶和乳製品。
(2)藥物治療 ①柳氮磺胺吡啶水楊酸製劑是主要治療藥物，如艾迪莎、美沙拉嗪等。②皮質類固醇常用藥為強的松或地塞米松，但目前並不認為長期激素維持可防止復發。在急性發作期亦可用氫化考的松或地塞米松靜脈滴注，以及每晚用氫化考的松加於生理鹽水中作保留灌腸，在急性發作期應用激素治療的價值是肯定的，但在慢性期是否應持續使用激素則尚有分歧，由於它有一定副作用，故多數不主張長期使用。
③免疫抑制劑在潰瘍性結腸炎中的價值尚屬可疑。據Rosenberg等報道硫唑嘌呤在疾病惡化時並無控制疾病的作用，而在慢性病例中它卻有助於減少皮質類固醇的使用。④中藥治療腹瀉型潰瘍性結腸炎可用中醫中藥治療，效果比較理想。同時應注意飲食以及生活習慣。
2.外科治療
有20%～30%重症潰瘍性結腸炎患者最終手術治療
(1)手術指徵 需急症手術的指徵有：①大量、難以控制的出血;②中毒性巨結腸伴臨近或明確的穿孔，或中毒性巨結腸經幾小時而不是數天治療無效者;③暴發性急性潰瘍性結腸炎對類固醇激素治療無效，亦即經4～5天治療無改善者;④由於狹窄引致梗阻;⑤懷疑或證實有結腸癌;
⑥難治性潰瘍性結腸炎反覆發作惡化，慢性持續性症狀，營養不良，虛弱，不能工作，不能參加正常社會活動和性生活;⑦當類固醇激素劑量減少後疾病即惡化，以致幾個月甚至幾年不能停止激素治療;⑧兒童患慢性結腸炎而影響其生長髮育時;⑨嚴重的結腸外表現如關節炎，壞疽性膿皮病、或膽肝疾病等手術可能對其有效果。
(2)手術選擇 目前潰瘍性結腸炎有四種手術可供選用。①結直腸全切除、迴腸造口術;②結腸全切除、回直腸吻合術;③控制性迴腸造口術;④結直腸全切除、迴腸袋肛管吻合術。
目前尚無有效的長期預防或治療的方法，在現有的四類手術中，結直腸全切除、迴腸袋肛管吻合術不失為較為合理、可供選用的方式。
