傳染性軟疣的早期症狀表現為米粒大小突出於皮膚表面的增殖物，起初表現為淡褐色或者跟皮膚顏色相近的圓形增殖，邊緣清晰可辨。傳染性軟疣在初期的時候具有較強的傳染性，病毒是潛伏於皮膚底層具有較強的傳染性，患者感染HPV病毒(HPV病毒【譯】：球形DNA病毒，能引起人體皮膚黏膜的鱗狀上皮增殖。經正規系統治療後，該病毒會被人體清除。)則說明自身免疫力比較低下，所以初期發現症狀其傳染性是比較強的。
傳染性軟疣被感染之初，駐紮於人體，並開始適應人體。此時還是以病毒狀態存在，病毒尚未開始繁殖，人體也未作出反應，但病毒卻在人體內隱匿著。病毒狀態的傳染性軟疣不表現任何症狀。
患者在感染傳染性軟疣的14-20天開始發病，抵抗力非常弱的患者可能在7天后便表現症狀，而身體素質較好的人，也可能在180天后才開始發病。所以，感染傳染性軟疣的患者，可回想之前的那段時間是否跟可疑的人接觸，或進行不安全的活動(如公共泳池或澡堂洗浴)等。
大部分的性病都有潛伏期，把性接觸作為傳播途徑的傳染性軟疣也不例外，當病毒侵入人體之後，開始與人體系統產生反應，並開始大肆繁殖。此時病毒已擴展，傳染性軟疣的症狀正在含苞待放之時。
傳染性軟疣是長在患者體表的一個個小小的丘疹，多為半球狀的小水泡，中間微微下凹，並且光滑呈膚色或乳白色、淡紅色。傳染性軟疣較小，一般直徑在1-8mm之間，擠壓疣體，會出現乾酪一樣的內容物。
