嬰幼兒腦積水手術應從創傷最小的術式做起。手術的關鍵是根據腦積水的病因選擇術式。由中腦導水管狹窄或由蛛網膜囊腫而形成的腦積水，建議首先選用軟神經電子腦室內鏡、在軟神經電子腦內鏡下行中腦導水管狹窄擴張術或中腦導水管支架植入術，是中腦導水管暢通以解決腦積水問題，或行第三腦室底造瘻術或蛛網膜囊腫腦室鏡下開窗及內引流術。對於交通性腦積水或經腦室鏡下內引流術無效的患兒，只能通過腦室腹腔分流術以解除腦積水。有時患兒就診時，腦積水已非常嚴重，導致大腦實質部分非常菲薄。此時，做普通的分流術風險相當大，容易引起顱內出血而致殘，甚至致死。因此，需應用可調壓分流系統進行手術，避免術後併發症。
腦積水經治療後，患兒的神經功能會逐步恢復。只要及早發現和治療，大多數的患兒效果良好，可達到與正常兒童一樣的智力以及生長髮育。
