灰黃黴素價廉，療效好仍為治療頭癬的首選藥物。而新的抗真菌藥物，如特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑治療頭癬療效與灰黃黴素相近，但療程短，且對兒童相對安全。服藥3周後進行真菌鏡檢，如病發真菌鏡檢仍陽性，需延長療程。以後每10~14天覆查1次，連續3次陰性後方可認為治癒。
灰黃黴素：兒童20~25mg/kg.d，分3次口服，療程6~8周，同進高脂餐有利於藥物吸收。
特比萘芬：兒童體重40kg一日250mg，療程2~6周。對小孢子菌屬引起的頭癬一般需要較長療程。
伊曲康唑：兒童3~5mg/kg.d，餐後立即服用，療程4~8周。
氟康唑：兒童6mg/kg.d，療程3~6周。
膿癬的治療：抗真菌藥物治療療程相對延長，在治療的頭2周，聯合口服抗菌藥物和糖皮質激素(兒童一日1~2mg/kg)。切忌切開引流。
外用抗真菌藥物：搽遍整個頭皮，每天早上外用抗真菌藥物，晚上外用2.5%碘酊，連續2個月。
洗頭：2%酮康唑洗劑或熱水肥皂洗頭，每晚1次，連續2個月。
剃頭：應儘可能把頭髮全部剪除，病發焚燒，每週1次，共8次。
