寒病早期(第1周以內)，特徵性表現尚未顯露，應與下列疾病相鑑別：
16.1 病毒感染
上呼吸道病毒感染亦可有持續發熱、頭痛、白細胞數減少，與早期傷寒相似。但此類患者起病較急，多伴有上呼吸道症狀，常無緩脈、脾大或玫瑰疹，傷寒的病原與血清學檢查均為陰性，常在1周內自愈。
16.2 瘧疾
各型瘧疾尤其惡性瘧疾易與傷寒相混淆，但瘧疾每天體溫波動較大，發熱前伴畏寒或寒戰，熱退時多汗，脾較大質稍硬，貧血較明顯，外周血及骨髓塗片可發現瘧原蟲。用有效抗瘧藥治療迅速退熱，抗生素治療無效。
16.3 鉤端螺旋體病
本病的流感傷傷寒型在夏秋季流行期間極常見，起病急，伴畏寒發熱，發熱呈持續型或弛張型，與傷寒相似。患者有疫水接觸史，眼結膜充血，全身痠痛，尤以腓腸肌疼痛與壓痛為著，腹股溝淋巴結腫大等;外周血白細胞數增高，血沉加快。進行有關病原、血清學檢查即可確診。
16.4 急性病毒性肝炎
急性黃疸型肝炎的黃疸前期有發熱、全身不適、消化道症狀、白細胞減少或正常，不易與傷寒相區別。但此病患者每於病程第5～7天出現黃疸，體溫亦隨之回覆正常，肝大壓痛，肝功能明顯異常，可通過病毒性肝炎血清學標誌檢查而確診。此外，傷寒併發中毒性肝炎亦每易與病毒性肝炎相混淆，但前者肝功能損害相對較輕，有黃疸者在黃疸出現後仍發熱不退，並有傷寒的其他特徵性表現，血培養傷寒桿菌可為陽性，隨著病情好轉，肝大及肝功能較快恢復正常。傷寒病的極期(第2周)以後，須與下列疾病相鑑別。
16.5 敗血症
部分革蘭陰性桿菌敗血症須與傷寒相鑑別。此症可有膽系、尿路、腸道等原發感染灶，發熱常伴有寒戰、多汗，有出血傾向，不少患者早期可發生休克且持續時間較長，白細胞雖可正常或稍低，但常伴核左移。確診須依靠細菌培養。
16.6 粟粒型肺結核
發熱較不規則，常伴有盜汗、脈較快、呼吸急促、發紺等，有結核病史或有與結核病患者密切接觸史。X線攝片可見肺部有粟粒狀陰影。
16.7 布魯菌病
有與病畜接觸或飲用未經消毒的牛、羊乳或乳製品史。長期不規則發熱，發作時呈波浪熱型，有關節、肌肉疼痛及多汗。血清布魯菌凝集試驗陽性，血及骨髓培養可分離到布魯菌。
16.8 地方性斑疹傷寒
起病較急，高熱常伴寒戰，脈快，結膜充血和皮疹。皮疹出現較早(第3～5天)，數量較多，分佈較廣，色暗紅，壓之不退，退疹後有色素沉著，病程約2周。白細胞數大多正常，血清變形桿菌凝集反應(外-斐反應)陽性;血液接種豚鼠腹腔可分離出莫氏立克次體。
16.9 結核性腦膜炎
部分傷寒患者因嚴重毒血癥可兼有劇烈頭痛、譫妄、昏睡、頸抵抗等虛性腦膜炎表現，容易與結核性腦膜炎相混淆。但結核性腦膜炎患者多伴有其他臟器結核，雖有持續發熱但無玫瑰疹與脾腫大，頭痛與頸抵抗更顯著，可伴有眼球震顫、腦神經癱瘓等，未經抗結核特效治療病程逐漸加重。腦脊液檢查符合結核性腦膜炎改變;腦脊液塗片、培養、動物接種可發現結核桿菌。
16.10 惡性組織細胞增生症
本病的病理特點是單核-巨噬細胞系統中組織細胞呈異常增生和浸潤。臨床表現複雜多變，有時主要表現為發熱，肝、脾腫大和白細胞減少，加之傷寒的骨髓片中有時可出現組織細胞增多和吞噬現象，故易相混淆。但本病病情進展較快，有明顯的貧血、出血症狀;血片和(或)骨髓片有特異性惡性組織細胞和(或)多核巨組織細胞，增生的組織細胞形態不一，並可吞噬紅、白細胞及血小板;外周血象出現顯著的全血細胞減少。抗菌藥物治療無效。
