憩室的大小形狀各不相同，但多數是其入口較小。一旦腸內容物進入憩室又不易排出而瀦留時，可引起各種併發症;或者憩室內雖無腸內容物瀦留，但它也可能壓迫鄰近器官而產生併發症。故對於由憩室所繼發的一些病理變化的瞭解很重要。十二指腸憩室的併發症較多如十二指腸部分梗阻、憩室炎、憩室周圍炎、憩室內結石、急性或慢性胰腺炎、胃十二指腸潰瘍惡變、大出血穿孔、膽管炎、憩室膽總管瘻、十二指腸結腸瘻、梗阻性黃疸等。
1.憩室炎與憩室出血：由於十二指腸憩室內容物瀦留細菌繁殖，炎性感染，
十二指腸憩室可引起憩室炎。繼之憩室黏膜糜爛出血，亦有憩室內異位胃黏膜異位，胰腺組織引起出血，或憩室炎症侵蝕或穿破附近血管發生大出血，以及少見憩室內黏膜惡變出血。
2.憩室穿孔：由於憩室內容物瀦留，黏膜炎性糜爛併發潰瘍，穿孔多位於腹膜後，穿孔後症狀不典型，甚至剖腹探查仍不能發現，通常出現腹膜後膿腫，胰腺壞死，胰瘻。若剖腹時發現十二指腸旁蜂窩織炎或有膽汁、胰液滲出，應考慮憩室穿孔可能，需切開側腹膜仔細探查。
3.十二指腸梗阻：憩室引致十二指腸梗阻多見於腔內型憩室，因憩室充盈形成息肉樣囊袋而堵塞腸腔。或較大的腔外型憩室因內容物瀦留，壓迫十二指腸所致梗阻，但大多數是不全性梗阻。
4.膽、胰管梗阻：多見於乳頭旁憩室腔內型或腔外型均可發生。因膽總管、胰管開口於憩室下方或兩側甚至於憩室邊緣或憩室內，致使Oddi括約肌功能障礙;憩室機械性壓迫總膽管胰管致膽汁、胰液滯留腔內壓力增高，十二指腸乳頭水腫，膽總管末端水腫，增加逆行感染機會併發膽管感染或急慢性胰腺炎索。Lemmel曾將十二指腸憩室合併有肝膽、胰腺疾病時所表現的症狀群稱為Lemmel綜合徵。亦有人稱之為十二指腸憩室綜合徵。
5.伴發病：十二指腸憩室的病人中常伴有膽道疾病、胃炎、消化性潰瘍、胰腺炎、結石、寄生蟲等。它們之間互為影響是併發或伴發，已無爭議。兩者同時存在佔10%～50%。其中伴發膽道疾病者應屬首位。常是“膽道術後綜合徵”的原因之一。因此在處理十二指腸憩室的同時，要注意不要遺漏這些伴發病的存在。
憩室內形成糞石和膽石，其中尤以膽石的發病率為高，此乃因十二指腸憩室反覆引起逆行性膽總管感染，造成膽總管下段結石。大西英胤等收集部分世界文獻統計十二指腸憩室合併膽石的發病率為6.8%～64.2%。可見日本人的發病率比英美人高。有人指出在處理膽石症時(事先未發現十二指腸憩室)，同時處理憩室的情況日益多見。遇到法特乳頭開口正好在憩室內和(或)合併膽石症者，其處理較為困難。術前應有所估計。
