腎結核的病原菌主要是來自肺結核，也可來自骨關節結核、腸結核等其他器官結核。結核桿菌傳播至腎臟的途徑有四：①血行播散：是最主要的感染途徑。結核桿菌從肺部結核病灶中侵入血流而播散到腎臟;②尿路感染：實際上是結核桿菌在泌尿系統內的蔓延擴散。為一側尿路發生結核病變後，結核桿菌由下尿路迴流上升傳至另一側腎臟;③淋巴感染：為全身的結核病灶或淋巴結核病灶的結核桿菌通過淋巴道播散到腎臟;④直接蔓延：是在腎臟附近的器官如脊柱、腸的結核病灶直接擴散蔓延累及腎臟。
大量的實驗研究、屍檢和臨床觀察證實，血行播散是腎結核的主要感染方式。結核桿菌隨血流侵入腎臟。當腎臟有一定的敏感性(如局部血循環障礙、外傷等因素)或細菌數量增多形成栓子，則首先在腎外層皮質部分的腎小球毛細血管叢中形成結核病灶。90%發生在皮質，10%左右發生在髓質。這種外層的結核是多發性的，幾乎兩側同時累及。但在此時往往因為人體的全身免疫和局部抵抗力的增強，細菌數量和細菌毒力下降等因素，絕大多數病例的全部病灶均可癒合而不引起任何病象，也不被發覺。但在這時期，可在尿液中查見結核杆 菌，這種時期稱為“病理性腎結核或臨床前期腎結核”。在腎外層的病灶存在期間，由於當時機體抵抗力下降、細菌毒力增加或局部因素等情況，有個別病灶不癒合而進一步發展，達到所謂“臨床期腎結核”。肺結核病人中約1～2%有這種臨床期腎結核。在腎外層結核病灶中僅3～7%發展到臨床期腎結核的階段。
一般從無症狀的臨床前期腎結核發展到臨床期腎結核需要經歷較長的時間，在這一段時間中肺部或其他器官結核的原發病灶可能已經痊癒，因此在相當部分的腎結核病人不能發現其原發病變。如果臨床前期腎結核的病灶不癒合則發生局部擴散或沿著腎小管向下蔓延到腎內層在髓質部分，腎乳頭髮生潰瘍，當病灶逐漸擴大破潰，即侵入腎盞或腎盂。這種侵入腎內層引起臨床腎結核的病例，85%以上是單側性病變，雙側性腎結核約15%左右。臨床上的雙側腎結核，既可直接從早期的雙側性病理腎結核發展而來，也可由一側腎結核另一側假象癒合而以後再發展而成，也可由一側性臨床腎結核經尿路感染蔓延到對側而成。
