大部分肛瘻由肛門直腸膿腫破潰或切開排膿後形成。膿腫逐漸縮小，但腸內容物仍不斷進入膿腔，在癒合縮小的過程中，常形成迂曲的腔道，引流不暢不易癒合，日久後腔道周圍有許多疤痕組織，形成慢性感染性管道。行走在內外括約肌附近，外口皮膚生長較快，常有假性愈性，引起反覆發作。管道的感染多數為膿性感染，少數為結核性。
根據瘻口和瘻道的位置、深淺、高低以及數目，其分類有：
(一)外瘻和內瘻 外瘻至少有內外二個瘻口，一個在肛門周圍皮膚上，多數距肛門2～3釐米，稱為外口，另一個在腸腔內，多數在齒線處肛竇內，稱為內口，少數內口在中齒線上方，直腸壁上。內瘻的內口與外瘻相同，並無傷口，臨床所見90%為外瘻。
(二)低位瘻和高位瘻 瘻道位於肛管直腸環平面以下者為低位瘻，在此平面以上為高位瘻。後者對治療方法的選擇有關。
(三)單純性肛瘻和複雜性肛瘻 前者只有一個瘻管，後者可有多個瘻口和瘻管。
從臨床治療角度以肛瘻和括約肌的關係較重要，可分為：
①括約肌間型——最常見一種，內口位於齒線，瘻管在內外括約肌間行走，外口在肛門周圍皮膚;
②經括約肌型——瘻管經外括約肌及坐骨肛管間隙而在肛周圍皮膚上穿出;
③括約肌上型——不常見。瘻管同上穿破肛提肌而在肛門周圍遠處皮膚上穿出;
④括約肌外型——少見，內口在齒線上直腸壁，外口在肛周遠處皮膚上，瘻管在內外括約肌外，經肛提肌而下。
