一、易打亂女性內分泌：目前在臨床上，使用於藥流的藥物對人體會產生一定的副作用，會破壞免疫系統和肝功能，影響內分泌和卵巢功能，所以，在藥流後常出現月經失調，正是因為這種藥物打亂了女性的內分泌系統。
二、藥流成功率低：藥物流產雖然方便、簡單，但藥流的成功率低，僅有85%的完全流產率，而藥流不徹底時，只能通過清宮才能達到流產目的，如果藥流不乾淨時不及時清宮，很容易導致血崩，嚴重的甚至會危及到生命。
三、藥流術後易感染：藥流不乾淨時，陰道出血時間較長，本來做藥流對女性來說都有損傷，而長時間的流血，更是讓女性的身體變得很虛弱，抵抗力也差，如果護理不當，很容易導致感染，引發炎症，造成盆腔炎、陰道炎、附件炎等各種婦科炎症疾病出現。
四、影響以後妊娠：育齡女性如反覆妊娠、反覆流產會造成子宮內膜反覆受損。由於子宮內膜有損傷，做過藥流的女性需要再次妊娠時，易發生前置胎盤，可引起產前大出血，甚至發生習慣性流產。
五、藥流易造成不孕：藥流易導致輸卵管堵塞，宮頸粘連，造成不孕;藥流不乾淨，清宮手術不當，也有可能造成不孕;藥流對子宮和卵巢的傷害過大，因此也是造成不孕的原因之一。
