口服廣譜抗真菌藥，能有效治療包括皮膚癬菌、酵母菌和黴菌在內的各種真菌感染引起的灰指甲，臨床研究證明有效治癒率達85-90%。由於其具有高度的親脂性、親角質性的特點，按療程服用後藥物可持續在指甲中發揮作用超過10個月，難看的灰指甲隨即被健康的指甲替代。
應該口服抗真菌藥物如伊曲康唑膠囊或者氟康唑膠囊治療。腳氣治療以外用抗真菌藥物為主，主要有達克寧、蘭美抒、貴州神奇、華陀膏等多種，只要堅持使用，症狀消失後繼續使用一週維持通常可以治癒。同時需保持足部乾燥、清潔，鞋子要透氣性好。
灰指甲建議口服結合局部用藥治療，口服可以用，斯皮仁諾，療黴舒，特比萘芬等，局部治療用小利刀刮除鬆脆病甲，或挫薄增厚的病甲，然後塗10%碘酒或30%冰醋酸溶液，也可把病甲浸於10%碘酒或鵝掌風特效藥中，堅持治療幾個月後，即可生出新甲。
其他治療方法：
手術拔甲的治療雖然方法簡單，但由於有時很難徹底清除病甲，並且仍然存在甲床中的真菌再次侵入甲板的機會，復發較多且術後造成的劇痛和可能引起的繼發感染給生活和工作都帶來諸多不便，目前極少採用。
