1.卵巢。直接作用，雌激素可刺激卵泡發育；間接作用，雌激素血藥濃度的高低可促進或抑制促性腺激素的釋放，從而間接影響卵巢功能，輸卵管雌激素可加快卵子在輸卵管內的速度。
2.子宮。雌激素對促進子宮內膜和子宮平滑肌的新陳代謝有重要作用，生精卵泡中適量的雌激素是生精植入的必要條件。陰道雌激素可促進陰道上皮基底層的細胞增殖、分化和成熟，以及角質化和引起細胞核的緻密變化。
3、乳腺。雌激素不僅能刺激人體乳腺管的生長，還能促進乳腺泡的發育和乳汁的分泌，促進乳腺管的增生，使乳頭和乳暈著色。
4、骨骼。雌激素有促進骨質增生的作用，但可引起骨垢和骨化的早期封閉，影響骨長的增加。絕經婦女可使用雌激素治療骨質疏鬆症。
5.蛋白質代謝。一方面，雌激素可刺激腎上腺皮質激素的分泌，抵消生長激素的作用，表現為促進蛋白質的分解；另一方面，肝臟有合成代謝作用，可刺激各種血漿蛋白的合成。
6.心血管方面。雌激素可降低血管通透性，降低血清膽固醇。
7、雌激素通過對下丘腦的正反饋和負反饋調節，控制垂體促性腺激素的分泌。
