本病並不是因為母親懷孕時吃了兔子肉、在家裡捅過溝渠、在床上裁衣服時用了剪刀，衝撞了“胎神”所致。這種先天性畸形主要是在懷孕第4周到第10週期間，由於某些致病因素導致胎兒面部發育障礙所致。目前醫學認為可能的致病因素有：
遺傳因素
部分患兒直系或旁系親屬中有類似畸形發生。大約有20%左右唇顎裂患兒可查詢出有遺傳史。
感染和損傷
懷孕初期(2個月左右)的母親感染過病毒，如流感、風疹或受過某種損傷可能成為唇顎裂的致病原因。
慢性疾病
母體懷孕期間患有如貧血、糠尿病、嚴重營養障礙等慢性疾病。
懷孕期間服用某些藥物
如鎮靜藥、抗癲癇藥及激素類藥等。
X線照射
懷孕期間母體接受過大劑量X線照射。
年齡因素
相關資料指出父母雙方年齡都偏大，會使胎兒唇顎裂的風險增加。胎兒唇顎裂的風險隨父母雙方的年齡遞增。40歲母親與30歲母親相比，胎兒唇顎裂的風險要高20%;而20歲到50歲之間，父親的年齡每大10歲，胎兒唇顎裂的風險就增加12%。不過，如果父母中有一方極其年輕，這個規律就不再適用。
