心律失常的治療方法有很多，不同的方法適合不同的疾病，而射頻消融就用於治療心律失常，最經典的是用於陣發性室上性心動過速。這是一個終生疾病，使用經導管射頻消融可以達到根治。對於特發性室性心動過速，即沒有明確器質性心臟病(如沒有心肌病、心梗等)的室速，經導管射頻消融也能獲得很好的治療效果。
另一大類可採用經導管消融的疾病，也是比較多發的疾病，就是房顫。這是一個老年人易患的病，平均患病年齡在七十餘歲。房顫在普通人群中的患病率約為1%，但在60歲以上人群中達5%，80歲以上可能達10%，年齡越大，患病率越高。
房顫的一個主要危害是容易反覆心慌，最嚴重的副作用是易患卒中。一旦有房顫，卒中的風險就會升高五六倍，且與房顫相關卒中的預後非常差，30天的死亡率達 25%，而且還有很高的致殘率。此外，房顫容易引起心衰，兩者一旦合併存在預後也較差。但房顫的藥物治療效果有限，藥物治療最成功的地方就是預防血栓栓塞事件。若想用藥物來預防房顫發生，療效則非常不理想，且僅能改善患者的症狀，不改善預後。這是治標不治本。所以近年來，經導管射頻消融術在房顫治療中的地位越來越高。2012年“歐洲房顫治療指南”進行了要點更新，明確指出有症狀的陣發性房顫經藥物治療無效者，推薦進行導管射頻消融治療;陣發性房顫患者若更願意接受導管射頻消融而非抗心律失常藥物治療時，也可將導管消融作為一線治療方法。
第三大類可採用射頻消融的，是反覆發作的房性心動過速、心房撲動。房性心動過速是心房的某一局部有異常快速發放電流的“興奮點”，或在心房內有小折返運動，在準確標測後進行消融可得到根治。心房撲動是心房內存在大環路，電流在環路上不停轉圈。經導管射頻消融可以阻斷環路，從而根治房撲。
第四大類是室速。臨床最常見的是流出道室速。流出道是心室向肺動脈或主動脈過渡的結構，該處起源的室速稱為流出道室速。針對沒有器質性心臟病的右室流出道或左室流出道室速、若反覆發作，都主張做消融。左室間隔部特發性室速導管消融的療效也較理想。但對於合併器質性心臟病的室速，經導管射頻消融遠不是一線的治療方法。因為有器質性心臟疾病的存在，室速發病的基礎也在不斷進展，再加上心室肌較厚、心內膜面肌小梁發達均增加成功消融的難度。器質性心臟病室速消融後完全不復發的幾率較小，而如果一旦復發的室速血流動力學不穩定就可能使患者處於危險中。因此，對於血流動力學不穩定的器質性心臟病室速，應置入體內自動轉復除顫器(ICD)，保障及時識別和終止血流動力學不穩定的室速和室顫。在已置入體內自動轉復除顫器和聯合藥物治療的患者，如果室速仍然反覆發作可考慮行導管消融，以減少室速的發作。如果器質性心臟病室速的血流動力學穩定，先用藥物治療，經藥物治療後室速仍反覆發作，才可能嘗試導管消融。
第五，經導管射頻消融在房早和室性早搏方面的應用也在探討中，尤其是最近10年，射頻消融用於頻發室性早搏的治療獲得較多的臨床研究肯定。若患者症狀明顯、室性早搏發作頻繁，經藥物控制不佳者，不管有沒有器質性心臟病，均可採用射頻消融。
但室性早搏到底多少是頻發，有行經導管消融的指證?這個定義還未明確。一般認為，室性早搏超過10%或20%，時間長了，會誘發心衰或加劇患者的心功能惡化。所以室性早搏能不能做消融，首先要看早搏是否超過患者總心率的10%還是20%，其次看有沒有症狀和症狀的嚴重程度，再次看藥物治療是否有效。如果症狀明顯，早搏超過10%也可做射頻消融了。
最後，近來的研究提示，針對一些少見類型的快速性心律失常，如多形性室速或室顫患者，也可以進行射頻消融。一些特發性室顫是由室性早搏引起，若能去掉早搏的發生，那室顫發作也能減少或消失。另外一個臨床研究進展是對Brugada綜合徵患者，行右流出道心外膜和/或心內膜消融，可減少或預防多形性室速和室顫的發生。對於這兩類患者在進行射頻消融時，要聯合使用ICD治療，因多形性室速和室顫是危及生命的疾病，一旦處理不及時易發生心臟性猝死。
