有多種病因和因素導致，分為三類：內在的、感染性的和非感染性的。
1.內在因素
（1）消化系統不成熟：嬰兒期胃酸和消化酶分泌不足，消化酶活性低，神經系統對胃腸道的調節能力差，對食物的質和量不易適應，且生長髮育快，對營養物質的需要量比較大，胃腸道負擔重，消化功能常處於緊張狀態，易發生消化道疾病。
（2）身體防禦功能差。嬰兒期免疫功能相對不成熟，血液中免疫球蛋白和胃腸道SIgA較低，胃腸道屏障功能弱，胃酸分泌少，胃腸道排空較快，對感染性因素的防禦功能差，另外，新生兒出生後尚未建立完善的腸道正常菌群。侵入腸道的病原微生物拮抗能力弱，人工餵養的食物 腸道感染的發生率明顯高於母乳餵養的孩子，因為母乳中含有的免疫物質缺乏，食物和食具被汙染的機會較多。
（3）體液分佈特點：嬰兒細胞間液較多，水代謝旺盛，腎功能調節差，易發生體液紊亂。
2.感染性因素
3.非感染性因素
主要是飲食因素、氣候因素和過敏因素，餵養不當是腹瀉的主要原因之一，過早餵養大量澱粉類、脂肪類食物，突然改變食物品種和斷奶均可導致腹瀉，氣候突然變化。使腸道蠕動增加，消化酶和胃酸分泌減少，可誘發腹瀉，一些吸收 腹瀉可由一些吸收不良綜合徵引起，如乳糖不耐受、糖原性腹瀉、先天性氯化物腹瀉、遺傳性果糖不耐受、胰腺囊性纖維化、原發性腸道吸收不良等等。對牛奶蛋白過敏的人，在吃了牛奶後48h會出現水樣腹瀉。
