由於長期使用瀉藥、對某些過敏性食物和藥物過敏以及植物神經功能紊亂而引起的沒有特定腸道病變的腹瀉，是功能性腹瀉。這種類型的腹瀉通常是無痛性粘液性腹瀉。沒有陽性體徵，沒有體重減輕或貧血。
器質性病變是由腸道本身的病變引起的腹瀉。引起肛腸科腹瀉的常見疾病包括潰瘍性結腸炎、克羅恩病、憩室病、腸道腫瘤和缺血性結腸炎。還有一些特殊的結腸炎，如細菌性痢疾、阿米巴痢疾、腸結核和腸道寄生蟲病，也有腹瀉症狀。
腹瀉常常伴有其他症狀。腹瀉時臍下疼痛，排便後疼痛緩解，常提示結腸內有病變。臍下疼痛和排便後疼痛緩解常提示結腸有病變。腹瀉伴有緊迫感，通常與慢性桿菌性痢疾、潰瘍性結腸炎和直腸癌有關。腹瀉伴腹脹見於慢性不完全性腸梗阻。腹瀉伴腹痛常見於菌痢、結腸癌、腸結核、克羅恩病、結腸憩室炎等。當腹瀉伴有腹部腫塊時，應考慮結腸癌、增生性腸結核和克羅恩病。有時由於結腸痙攣引起的腹瀉也會出現腹部腫塊，但有時沒有。如果在老年便秘患者的左下腹發現腫塊，更有可能是糞石。
