大多數單獨的衣原體和支原體的陽性檢測都不是病理性的。
衣原體和支原體是我們身體許多部位的正常菌群，如眼睛、鼻孔、肛門、口腔、陰道等。只要不是比例過高導致症狀（瘙癢、腫脹、發燒等），就不被認為是一種疾病，不需要治療，如果大量的抗菌劑導致菌群失調，就會成為一種疾病。但如果超過正常比例引起瘙癢和腫脹、發熱等，就是衣原體和支原體炎症，才需要治療，用大環內酯類藥物效果好，口服紅黴素和阿奇黴素效果很好，不需要輸液等。所以單純的衣原體和支原體檢查陽性大多不是病理性的，只能說明陰道正常，乳腺疾病是由雌激素水平高引起的，與衣原體等沒有關係。
如果反覆治療可能導致陰道瘙癢，這可能是菌群失調。停止所有藥物治療，不要清洗陰道，觀察一週，通常會痊癒。如果不是，就去做陰道鏡檢查和細菌培養，然後治療病因並擺脫它。
