艾滋病患者往往明顯消瘦，嚴重營養不良，貧血，白細胞、血小板或全血細胞減少。
長期的腹瀉導致水電解質紊亂和神經系統損傷，造成精神衰退、反應遲鈍、抑鬱、憂慮、妄想狂或痴呆。
對心血管系統的損害導致心動過速、心臟擴大和充血性心力衰竭。
對腎功能的損傷可引起間質性腎炎和腎小管壞死、蛋白尿、少尿、高度水腫、氮質血癥和腎衰竭。
肌肉骨骼系統的損傷可引起遊走性關節炎、關節疼痛和關節腔積液，類似於類風溼性關節炎，抗風溼治療效果不佳，或表現為多發性肌炎，有明顯的肌肉萎縮和活動障礙，肌肉活檢時有壞死性肌炎。
對內分泌系統的損傷可能包括腎上腺功能不全和低腎素血癥、低血壓、持續的低鈉血癥和高鉀血癥、甲狀腺功能低下、糖尿病和腎上腺危機。
