美容劑量的肉毒桿菌毒素注射是非常安全的，不良反應很少，一般是溫和的和短暫的。臨床上有一些由肉毒桿菌毒素引起的不可逆的不良反應，但未見報道。目前的研究表明，肉毒桿菌毒素引起的不良反應或併發症往往是由於不正確的注射方法，或肉毒桿菌毒素的局部散佈所致。因此，預防併發症的發生，應提高注射技術和精確度，並儘可能地將其作用限制在目標部位。
1、注射反應。注射本身有可能引起不良反應，包括髮紅、疼痛、紅斑、腫脹、瘀傷等。注射前的表面麻醉，使用小的注射針頭，以及注射後的冷敷可以大大減少這種不良反應。
2.特異性反應。注射肉毒桿菌也可能導致特異性反應，包括頭痛、感冒症狀、噁心、皮疹、瘙癢、過敏反應等，這些反應通常可以自行痊癒。
3、眉毛下垂。這是額部除皺注射中最重要的不良反應，對於上瞼已經有皮膚鬆弛的老年患者來說，由於眉毛下垂，會導致假性高血壓，上瞼難以睜開。防止這種情況的方法是注意不要在眉弓上方兩釐米處的額肌注射。
4.上眼瞼下垂。通常繼發於額肌或皺眉肌注射，肉毒桿菌毒素向下擴散到眼眶，導致上瞼肌麻痺。如果發生眼瞼下垂，通常只能等待其自行恢復。用α-腎上腺素能激動劑滴劑治療可以刺激穆勒氏肌，使眼瞼裂縫增大2-3小時。在上瞼周圍注射時，需要避免藥物過度擴散，還要注意不要按摩注射區。
5.斜視和複視。眼周肉毒桿菌素注射由於藥物散佈到眼眶，會導致眼外肌麻痺。預防方法是在注射時用輔助手壓迫眼眶邊緣，以防止藥物散失。
6.眼瞼閉合不全。下瞼退縮。這是由注射肉毒桿菌引起的眼輪匝肌麻痺造成的。適應症需要明智地選擇。下瞼注射不適合皮膚過於鬆弛的患者，以及做過下瞼手術的患者，或者下瞼彈性差的患者，儘量避免在下瞼板部分的眼輪匝肌內注射。
7.表情僵硬多是由於肉毒桿菌素累及臉部中間，也就是表情肌集中的地方造成的。如果將肉毒桿菌素直接注射到面部中間，或將藥物擴散到面部中間（如魚尾紋注射位置過低，咬肌注射位置過淺），都會引起面部僵硬。預防是減少肉毒桿菌毒素在面部中間的注射量，或將藥物擴散到面部中間（如魚尾紋注射位置過低，咬肌注射位置過淺）。預防方法是減少肉毒桿菌毒素的用量，在皮下淺層注射，雙側對稱注射，使用小劑量。
其他
1.長期使用。對大量數據的分析表明，長期使用肉毒桿菌毒素並不會導致明顯的不良反應，個別患者會出現局灶性肌無力。
2.綜合應用。除了簡單的動態皺紋外，面部的許多衰老表現需要聯合其他治療，包括：皮膚填充物脂肪移植、激光光療和手術治療。在肉毒桿菌注射與其他治療的聯合應用中，需要注意避免其他治療促進肉毒桿菌的分散，並注意順序，或避免在同一天進行聯合治療。
